インビザラインは目立たず快適に歯並びを整えることができる矯正法で多くの支持を集めていますが、すべての症例に対応できるわけではなくいくつかの「適応外」のケースが存在します。
まず代表的なインビザライン適応外の例で重度の骨格性不正咬合や著しい歯列のズレ、歯の欠損が多くて固定源が確保できないケースが挙げられます。
これらの症例ではマウスピースだけでは歯を正確に動かすことが難しく、外科的処置やワイヤー矯正を併用する必要があるためインビザライン単独での対応は困難です。
インビザラインは患者の協力が不可欠であり決められた装着時間（1日20時間以上）を守れない場合や、頻繁にマウスピースを失くしてしまうようなケースも実質的には適応外となります。
虫歯や歯周病の治療が完了していない状態では矯正の開始ができないため、事前に口腔内の健康状態を整えておくことが求められます。
もしインビザラインが適応外と判断された場合でもワイヤー矯正や舌側矯正、部分矯正など他の治療法で対応可能なことも多く複数の選択肢を持つことが重要です。
